Что MyDogDNA уже может сказать о Бернском зенненхунде и других Швейцарских горных и пастушьих собаках?

Бернский зенненхунд (БЗ) является породой швейцарского происхождения и самой популярной породой среди Швейцарских горных и пастушьих собак. Популяция распространилась по всему миру поэтому, могут быть идентифицированы разные линии разведения. Тем не менее, все особи этой породы имеют свои истоки в Швейцарии. Как это отображается на генетическом разнообразии породы?

В течение осени и зимы 2013-2014, заводчики и энтузиасты собак породы БЗ принимали участие в активном изучении генетического разнообразия и состояния породы посредством комплексного ДНК-тестирования MyDogDNA. Результаты, представленные здесь, основаны на популяции из 58-ми БЗ, которые были проанализированы к концу марта 2014 года. Подавляющее большинство протестированных особей БЗ – из Финляндии (42), в это же время российские БЗ составляют еще одну значительную группу (14).  Кроме того, в анализ были включены результаты породной группы Швейцарских горных и пастушьих собак: 10 собак породы Большой швейцарский зенненхунд, 7 собак породы Энтлебухер и 3 собаки породы Аппенцеллер. 

Состояние генетического разнообразия популяции породы Бернский зенненхунд

Рисунок 1 отображает уровень генетического разнообразия пород Бернский зенненхунд и Большой швейцарский зенненхунд, по сравнению с другими собаками в базе данных MyDogDNA. Данные показатели, также, доступны в интернете по адресу http://www.mydogdna.com/ru/breeds (каждая новая протестированная собака обновляет графики в реальном времени). Текущий средний уровень разнообразия (измеряется как гетерозиготность одиночного нуклеотид-полимоформизма [SNP] всего генома) породы БЗ составляет 24.7% (диапазон 22.4% -26.9%). Для сравнения, этот показатель ниже, чем средний уровень всех собак в базе данных MyDogDNA – 28.8% (диапазон 15.3% - 40.1%). Статистически значимых различий в уровне разнообразия между финскими и российскими БЗ не наблюдалось.

Figure 1

Рисунок 1
Перевод
Dog population – Популяция собак
Genetic diversity (heterozygosity, %) – Генетическое разнообразие (гетерозиготность, %)
Bernese Mountain Dog (30-100 tested dogs), Median: 24.7% - Бернский зенненхунд (протестировано 30-100 собак), Среднее значение: 24.7%
Swiss Mountaing and Cattle Dogs, Median: 24.1% (Appenzell Cattle Dog, Bernese Mountain Dog, Entlebucher Mountain Dog, Great Swiss Mountain Dog) - Швейцарские горные и пастушьи собаки, Среднее значение: 24.1% (Аппенцеллер зенненхунд, Бернский зенненхунд, Энтлебухер зенненхунд, Большой швейцарский зенненхунд)
All dogs, Median: 28.8% - Все собаки, Среднее значение: 28.8%

 

Рисунок 1, также, содержит график (зеленая линия), иллюстрирующий совместное распределение разнообразия протестированных собак пород Швейцарских горных и пастушьих собак в целом. Эта кривая еще раз подтверждает, что разнообразие породной группы (среднее значение 24.1%, диапазон 17.3% -26.9%) – ниже, чем средний уровень всех собак в базе данных MyDogDNA. Все вышеперечисленные расчетные значения приведены в Таблице 1. 

Таблица 1

Генетические связи породы Бернский зенненхунд

Генетическая структура породы может быть визуализирована, как на  Рисунке 2. График показывает генетические сходства и различия между особями: собаки, которые находятся близко друг к другу имеют подобные геному, в то время как собаки, расположенные далеко друг от друга, генетически отличаются друг от друга. Подобная визуализация может быть использована для выявления генетически различных линий разведения в пределах популяции (например, в связи с географическими различиями или генетическими расхождениями, вызванными скрещиваниями между шоу- и рабочими линиями).  На данном конкретном графике, собаки из России были окрашены в фиолетовый цвет, а остальные, обозначенные синими точками, почти все, являются собаки из Финляндии. И, хотя, российские собаки имеют тенденцию группироваться вместе, явно видны пересечения в генетической идентичности с финской популяцией. Это может говорить о том, что предки этих особей произошли из одного географического района. Рисунок 3 уже включает в себя всех Швейцарских горных и пастушьих собак.

Рисунок 2
Перевод
Genetic relationships – Генетические связи
 

Рисунок 3
Перевод
Genetic relationships – Генетические связи
Swiss Mountaing and Cattle Dogs (Appenzell Cattle Dog, Bernese Mountain Dog, Entlebucher Mountain Dog, Great Swiss Mountain Dog) - Швейцарские горные и пастушьи собаки (Аппенцеллер зенненхунд, Бернский зенненхунд, Энтлебухер зенненхунд, Большой швейцарский зенненхунд)

 

Анализ генетических связей БЗ выявил некоторые потенциальные кластеры, которые, возможно, представляют линии различных заводчиков. При нынешнем размере выборки, эти генетические различия выделятся более четко, чем географические различия между финскими и российскими собаками. Поскольку, все больше собак будет протестировано посредством MyDogDNA в будущем, могут проявиться потенциальные географические и другого рода различия. В целом, понимание генетических различий, которые присутствуют между собаками одной породы поможет идентифицировать оптимальных для селекции партнеров (для максимально генетически разнообразного потомства).

Именно для этих целей, сервис MyDogDNA включает в себя пользовательский инструмент под названием MyDogDNA Breeder™, который для владельце протестированных собак бесплатно. Этот инструмент использует измеренные генетические данные для идентификации племенных партнеров, которые генетически различаются от собственной собаки пользователя, и не несет таких же наследственных нарушений, тесты на которые содержаться в тестовой панели MyDogDNA. Другими словами, MyDogDNA Breeder™ выдает рейтинг потенциальных партнеров в соответствии с ожидаемым уровнем генетического здоровья и разнообразия потомства. Он, также, отображает географическое расположение потенциальных партнеров и предлагает прямой способ для связи с владельцем интересующей собаки через базу данных MyDogDNA. На момент публикации данного отчета уже 73% владельцев протестированных Швейцарских горных и пастушьих собак дали свое согласие на участие в поиске MyDogDNA Breeder™, что делает его перспективным инструментом для поддержки будущих усилий по повышению генетического разнообразия.

Протестированные генетические нарушения

В дополнение к анализу разнообразия, тестовая панель MyDogDNA включает в себя скрининг около 100 генетических мутаций, как известно, которые являются причиной наследственных заболеваний. Среди Больших швейцарских зенненхундов были найдены носители известного Нарушение свертываемости крови по причине дефекта в гене P2RY12.  Больные собаки страдают от чрезмерного кровотечения после травмы или операции. Тип наследования - аутосомно-рецессивный. Мутация, которая лежит в основе дефекта P2Y12 была обнаружена в одной популяции Больших швейцарских зенненхундов в 2011 году, но по прогнозам, будет довольно широко распространено в породе (Boudreaux et al. 2011, Vet Clin Pathol 40:202-206). Хотя размер нашей выборки, пока, не является показательной для всей породы, но уже сейчас данные подтверждают этот прогноз – 80% (8 из 10) протестированных собак несут дефект P2Y12. Подобная частота может быть результатом сильного генетического узкого «бутылочного горлышка», вызванного попытками восстановления породы в начале 1900-х.  Селекционеры, все же, не советуют исключать носителей из разведения. Частота мутации в популяции может быть уменьшена путем вязки «носителей» с «генетически здоровыми» особями в течение нескольких поколений, в долгосрочной перспективе.

Выводы

Данная оценка генетического разнообразия Швейцарских горных и пастушьих собак предполагает, что, как группа, анализируемые породы генетически несколько менее разнообразны, чем породы собак в среднем. Мы призываем заводчиков и энтузиастов породы продолжать исследование ситуации путем расширения выборки протестированных собак из разных стран мира. База данных MyDogDNA обновляется в режиме реального времени и, по-прежнему, будет источником наиболее точного представления о состоянии разнообразия породы, а также о любом прогрессе в этом направлении.

В частности, мы призываем тестировать больше собак пород Большой швейцарский зенненхунд, Энтлебухер зенненхунд и Аппенцеллер зенненхунд. Наши предварительные результаты говорят о том, что состояние генетического разнообразия этих пород находится на уровне даже ниже, чем Бернский зенненхунд. Данный факт требует тщательного изучения и усилий к стремлению увеличить генетическое разнообразие, чтобы избежать последствий инбридинга. Впервые, современные инструменты биоинформатики, также, могут быть использованы в помощь для идентификации действительно генетически различных особей и выбора оптимальных пар для устойчивого разведения. Уникальная система MyDogDNA Breeder™, как ожидается, станет отличным инструментом поддержки этих усилий.

Наконец, наши исследования и знания мутаций, лежащих в основе наследственных заболеваний показало высокую частоту носителей Нарушения свертываемости крови по причине дефекта в гене P2RY12 у собак породы Большой швейцарский зенненхунд. Для того чтобы обеспечить полноценный уход, владельцы и заводчики собак должны заранее обладать информацией о существующих генетических нарушениях. Комплексное ДНК-тестирование на наследственные заболевания доступно как часть сервиса MyDogDNA.

За более подробной версией данного отчеты вы можете обратиться в НКП Бернский зенненхунд или НКП Большой швейцарский зенненхунд (http://www.sennenhund.ru/).